有这样一个案例：房屋买卖双方在购房合同中约定了违约金的计算方法：“卖方按日向买方支付房屋总价的0.05%的违约金””。然而，该合同有很多附件，其中一个附件是补充协议，变成：“出卖人未在合同规定的期限内交付房屋的，且不属于出卖人不履行义务的情况”。需要按照本合同及本补充协议承担违约责任的，则双方一致同意逾期交付房屋违约金的计算期限为商品房工程质量合格之日。检查、设计、施工、监理、施工单位验收。”
一般来说，补充协议是对主合同的补充和完善。补充协议与主协议不一致的，以补充协议为准。但本案的特殊性在于，补充协议是主合同众多附件之一。附件内容统一，购房者根本无法修改。而且，在正常的合同签订行为中，双方在签订时一般不会以补充协议的形式修改主合同的内容。
最终，法院经审理认为：“补充协议与房屋买卖合同具有约束力。就该条款而言，系被告提供的格式条款，与合同同一天签署。无法证明原告理解该条款。主合同中根据该条款的真实含义对违约金进行了进一步约定，该条款明显不公平。”最终，补充协议中的规定被驳回，主合同条款中的规定被驳回。直接采纳。
